Tal y como estaba previsto la 5ª Etapa de la Vuelta al País Vasco paso por Andoain, una etapa dura y con mucha lluvia la meta Volante de Andoain estaba situada en el Km.113,8 de la Etapa y estas fueron las posiciones a su paso por ella.

1. Bemhard KOHL del Gerolsteiner
2. Egoi MARTINEZ de Euskaltel-Euskadi
3. Francesco GAVAZZI del Lampre